El Congreso había escogido el 7 de septiembre de 1821, a Bolívar para el primer empleo de la Patria y a Santander para el segundo, pues había poca disposición de este general neogranadino hacia Bolívar, que aún así, le tenía exceso de confianza, exagerada idea de sus talentos administrativos y el deseo vivísimo que siente el hombre de elevar más y más sus acciones. Bolívar se fue a prestar juramento hacia Cúcuta y escribió el primero de octubre al presidente del Congreso un oficio en el que manifestaba su repugnancia al cargo, con una energía extraordinaria: "Pronto, decía a sacrificar por el servicio público mis bienes, mi sangre y hasta la gloria misma, no puedo sin embargo, hacer el sacrificio de mi conciencia, porque estoy profundamente penetrado de mi incapacidad para gobernar a Colombia, no conociendo ningún género de administración. Yo no soy el magistrado que la república necesita para su dicha; soldado por necesidad y por inclinación, mi destino está señalado en un campo o en los cuarteles. El bufete es para mi un lugar de suplicio. Mis inclinaciones naturales me alejan de él tanto más que he alimentado y fortificado estas inclinaciones por todos los medios que he tenido a mi alcance, con el fin de impedirme a mí mismo la aceptación de un mando que es contrario al bien de la causa pública y aún a mi propio honor"
El Congreso insistió en que aceptara el cargo y el Libertador juró cumplir religiosamente la Constitución: "Ella junto con la independencia, dijo en un discurso a la asamblea, será el ara santa en la cual haré los sacrificios"
Así dejó claro, que se encargaría de la presidencia por el tiempo de la guerra y a condición de que se le autorizase para continuarla a la cabeza del ejército y retirarse, luego, del servicio público cuando ya estuviera instaurada la paz. Para concluir con:
"Entonces, señor, yo ruego ardientemente no os mostréis sordos al clamor de mi conciencia y de mi honor, que me piden a grandes gritos que no sea más que ciudadano. Yo siento la necesidad de dejar el primer puesto de la república, al que el pueblo señale como jefe de su corazón. Yo soy el hijo de la guerra; el hombre que los combates han elevado a la magistratura; la fortuna me ha sostenido en este rango, la victoria lo ha confirmado. Pero no son estos los títulos consagrados por la justicia, por la dicha y por la voluntad nacional. La espada que ha gobernado a Colombia, no es la balanza de Astrea, es un azote del genio del mal que algunas veces el cielo deja caer sobre la tierra para castigo de los tiranos y escarmiento de los pueblos. Esta espada no puede servir de nada en el día de paz, y éste debe ser el último de mi poder; porque así lo he jurado para mi, porque lo he prometido a Colombia y porque no puede haber república donde el pueblo no está seguro del ejercicio de sus propias facultades. Un hombre como yo es un ciudadano peligroso en un gobierno popular; es una amenaza inmediata a la soberanía nacional. Yo quiero ser ciudadano para ser libre y para que todos lo sean. Prefiero el título de ciudadano a la de Libertador, porque éste emana de la guerra, aquel emana de las leyes. Cambiadme, señor, todos mis dictados por el de buen ciudadano"
